Balai Perikanan Budidaya Air Tawar Mandiangin berlokasi di  Jl. Tahura Sultan Adam Km. 14 Mandiangin Kecamatan Karang Intan Kabupaten Banjar Provinsi Kalimantan Selatan. Secara geografis, Balai Perikanan Budidaya Air Tawar Mandiangin terletak pada kaki dalam deretan Pegunungan Meratus yang membentang dari selatan Provinsi Kalimantan Selatan hingga utara di wilayah Provinsi Kalimantan Timur. Balai Perikanan Budidaya Air Tawar Mandiangin secara administratif termasuk dalam Desa Mandiangin Barat, Kecamatan Karang Intan, Kabupaten Banjar yang mempunyai batas-batas wilayah berbatasan secara langsung, antara lain:

  1. Sebelah utara berbatasan dengan Desa Padang Panjang,
  2. Sebelah selatan berbatasan dengan Desa Kiram,
  3. Sebelah timur berbatasan dengan Desa Mandiangin Timur dan
  4. Sebelah barat berbatasan dengan Desa Kecamatan Cempaka.

Sebagian besar wilayah sekitar Balai Perikanan Budidaya Air Tawar Mandiangin merupakan daerah berbukit dengan keadaan lingkungan dikelilingi oleh hutan alam yang luasnya 518 Ha. Balai Perikanan Budidaya Air Tawar Mandiangin terdiri dari lokasi utama dan tiga instalansi budidaya ikan, yaitu

  1. Lokasi utama seluas 10 Ha yang terletak di Desa Mandiangin, Kecamatan Karang Intan Kabupaten Banjar,
  2. Instalansi Budidaya Ikan di Bincau seluas 3,442 Ha yang terletak di Desa Bincau Kecamatan Martapura Kabupaten Banjar yang berjarak 10 KM dari Mandiangin,
  3. Instalansi Awang Bangkal (mempunyai karamba sebanyak 60 unit) terletak di Desa Awang Bangkal Kecamatan Karang Intan berjarak 5 KM dari Mandiangin, dan
  4. Instalansi Budidaya Lahan Gambut Pulang Pisau seluas ± 26,415 Ha berada di Desa Garung Kecamatan Jabiren Raya Kabupaten Pulang Pisau.

Kondisi lahan pada Balai Perikanan Budidaya Air Tawar Mandiangin ini dapat dibedakan dalam tiga topografi lahan, yakni : lahan sebelah barat, tengah dan timur. Lahan sebelah barat seluas 4 Ha merupakan lahan yang relatif rata dan merupakan bagian yang tertinggi. Pada lahan ini dimanfaatkan sebagai lokasi kantor, laboratorium, asrama dan bangunan gedung lainnya. Lahan seluas 2 Ha yang ada dalam bagian tengah relatif lebih rendah, di areal ini dibuat untuk unit-unit perkolaman. Lahan sebelah timur memiliki luas 4 Ha dengan topografi dibandingkan dengan lahan bagian tengah lebih tinggi antara 1 hingga 3 m.