Sejarah Balai Perikanan Budidaya Air Tawar Mandiangin dimulai dengan dibentuknya Loka Budidaya Air Tawar berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertanian Nomor : 346/Kpts/OT.210/1994. Pada tanggal 12 januari 2006 status Loka Budidaya Air Tawar Mandiangin menjadi Balai Budidaya Air Tawar Mandiangin berdasarkan SK Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor : PER.09/MEN/2006.

Dengan beban tugas dan tanggung jawab yang semakin meningkat, maka sejak tanggal 3 Februari 2014, dengan Peraturan Menteri Keluatan dan Perikanan Nomor : 06/PERMEN-KP/2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Perikanan Budidaya Air Tawar, Perikanan Budidaya Air Payau, dan Perikanan Budidaya Laut, nama Balai Budidaya Air Tawar Mandiangin berubah menjadi Balai Perikanan Budidaya Air Tawar Mandiangin.